Die Methode des Smart Breeding basiert auf den Erkenntnissen der Genomforschung. Smart Breeding ist Präzisionszüchtung: Bei der Selektion der Pflanzen verlassen sich die Züchter und Züchterinnen nicht auf äußere Merkmale (Phänotyp). Das Erbgut wird vielmehr genau analysiert (Genomforschung), um danach die passenden Kreuzungspartner oder die gewünschten Nachkommen zu selektieren. Züchterinnen und Züchter setzen hierzu molekulare diagnostische Werkzeuge - molekulare Marker - ein. Smart Breeding führt im Unterschied zur Grünen Gentechnik keine Gene neu in das Erbgut ein. Es entstehen keine transgenen Organismen.
Markeranalyse verschiedener Pflanzen
Mit Hilfe von Smart Breeding können gewünschte Leistungsmerkmale umweltunabhängig detektiert werden. Die Analyse des jeweiligen Merkmals erfolgt schnell und ist leicht zu automatisieren, so dass sie mit hohem Probendurchsatz erfolgen kann. Merkmale können darüber hinaus in frühen Generationen und in frühen Stadien (Keimling) analysiert werden. Bei herkömmlichen Verfahren werden beispielsweise Resistenzen über aufwendige Infektionsversuche in Zuchtgärten oder Laboren und Ertrag und Qualität erst am Ernteprodukt festgestellt. Die Genomforschung ersetzt aufwendige Tests im Labor und Feld und kann die Selektion beschleunigen. Die Züchtungsergebnisse sind insgesamt besser vorhersagbar geworden.