Die Stiftung wurde nach dem Augustiner Mönch Johann Gregor Mendel benannt, der die Grundlage für eine systematischen Pflanzenzüchtung legte.

Im Alter von 21 Jahren trat Johann Gregor Mendel 1843 als Mönch in das Augustiner Chorherrenstift St. Thomas zu Brünn ein. Nach einem naturwissenschaftlichen Studium in Wien kehrte er 1854 nach Brünn zurück. Zwei Jahre später begann Mendel im Klostergarten seine Kreuzungsversuche, die er vor allem an Erbsenpflanzen durchführte. Seine Erkenntnisse veröffentlichte er 1866 in der Abhandlung »Versuche über Pflanzen-Hybriden«. Die durch ihn entschlüsselten Gesetzmäßigkeiten der Vererbung sind bis heute Grundlage der Pflanzenzüchtung. Gregor Mendel starb 1884 im Alter von 62 Jahren als Abt des Klosters.