Die Stiftung möchte den Blick für die gesellschaftliche Bedeutung der Pflanzenzüchtung schärfen. Sie will erkennbarer machen, dass nur die weitere Anwendung züchterischer Methoden das Erreichte sichern und zukünftige welweite Herausforderungen meistern kann. Dabei verfolgt die Stiftung ausschließlich und unmittelbar gemeinnützige Zwecke. Gründungsstifter sind Persönlichkeiten und Familien, die sich der Pflanzenzüchtung über Generationen verpflichtet fühlen.

Die Stiftung wurde am 5. November 2002 in Bonn gegründet. Das Kuratorium der Gregor Mendel Stiftung ist mit hochrangigen Vertretern aus Wirtschaft und Wissenschaft besetzt.

Spenden und Zustiftungen zugunsten der Gregor Mendel Stiftung fördern Innovation und Fortschritt. Der Stiftungszweck ist in der Satzung festgelegt.