Die GFPi ist in 9 fruchtartenspezifische Abteilungen sowie die Abteilung Pflanzeninnovation untergliedert. In der Abteilung Pflanzeninnovation sind alle Mitglieder organisiert, denn hier werden Forschungsprojekte durchgeführt, im Rahmen derer kulturartenübergreifende Fragestellungen untersucht werden. GFPi Mitglieder, die eigene Züchtungsprogramme durchführen, sind in den jeweiligen fruchtartenspezifischen Abteilungen organisiert.Ideen für neue Forschungsprojekte werden in den einzelnen Abteilungen diskutiert und die Ergebnisse laufender Forschungsarbeiten besprochen.Die GFPi-Abteilungen sind:
